Museet på Stora Karlsö invigdes 1966. Sedan dess har museet rustats upp och fått nya och utvidgade utställningar. Den basutställning som nu finns har som tema Människan och naturen på Stora Karlsö. Människan har sedan stenåldern i hög grad medverkat till att forma naturen på ön.

I montrar och på skärmar berättas om öns geologiska historia. Du kan studera öns flora och fauna. Det artrika fågellivet har fått ett eget rum och här finns monterade fåglar att titta närmare på. De flesta har någon gång synts till ute på ön. En insektsmonter finns det också.

Om människans närvaro berättar utställningen i kultursalen. Spåren från forntiden är många. De rika fynden i kulturlagren i grottan Stora Förvar visar att människor regelbundet kom till ön redan för 9000 år sedan. Man fortsatte att besöka ön under kommande tidsepoker och lämnade spår i form av stora bronsåldersrösen och stensatta järnåldersgravar. Under medeltiden bröts här en rosafärgad kalksten till bl a kyrkobyggen. 1800-talet såg ett stort fiskeläge byggas upp.

Museet presenterar också den forskning om bland annat fåglar och miljö som sker på ön. Museet är öppet dagligen.