Det går bra att ta egen båt till Stora Karlsö. Man får endast lägga till i Norderhamn på den västra sidan av bryggan eftersom den östra sidan används av Karlsöbåten. Då det maximala antalet betalande övernattare på ön är 65 personer inklusive boende i båt kan det finns tillfälle då båtar måste nekas tillstånd att stanna över natten. Hamnavgiften är 150 kr per båt och dygn plus en landstigningsavgift på 50 kr per person och dygn (25 kr för barn 6-15 år). Vill man ansluta en elkabel kostar det 50 kr per dygn. Du som besöker ön ofta kan köpa ett årskort för hamnavgiften till en kostnad av 500 kr (gäller för en båt plus 2 vuxna).

I avgiften ingår tillgång till toaletter och normal förbrukning av färskvatten (ej bunkring). Man får gärna också gå med på en guidad tur när de går med besökare som kommer med Karlsöbåten.

Ta kontakt med tillsynsmannen, när du närmar dig eller kommit iland, på telefon 070-3237240. Hamn- och landstigningsavgift kan betalas kontant, med swish eller med kontokort.

Registrerade medlemmar i Eksta hembygdsförening samt aktieägare i Karlsö Jagt- och Djurskyddsförenings AB har fri landstigningsavgift. Medföljande icke medlemmar får dock betala landstigningsavgift enligt gällande taxa. Ordinarie båtavgift gäller vid övernattning. Medlemmar i Klinte Båtklubb som köper årskort har fri landstigningsavgift och får stanna över natten om det finns plats (el ingår ej).

Observera att det inte är tillåtet att föra iland hund, katt eller annat sällskapsdjur.