Trutarna utgör ett påtagligt inslag i öns fågelliv. De vanligaste arterna är silltrut (Larus fuscus) och gråtrut (Larus argentatus) medan havstrut (Larus marinus) bara häckar med ett fåtal par. Silltruten i Östersjön tillhör den rödlistade nominatrasen fuscus, som tillbringar vintern i vattnen utanför Östafrika. Den har svart ovansida och skiljs från havstruten bland annat på sin mindre storlek, den är slankare och elegantare och har gula ben.

Fiskmås (Larus canus) häckar numera med blott ett drygt dussin par på ön. Fiskmåsen påminner mycket om gråtruten men är mindre och nättare. Skrattmås (Larus ridibundus) ses tillfälligt i Hien och Norderhamn, men häckar närmast på Lilla Karlsö i en stor koloni. 2013 häckade några par i Norderhamn på Stora Karlsö. Skrattmåsen känns lätt igen på sin bruna hätta och sina röda ben.

Både fisktärna (Stema hirundo) och silvertärna (Stema paradisea) ses på ön, företrädesvis på nord och sydsidan. Fisktärnan, som här bara är en tillfällig besökare, har röd näbb med svart spets medan silvertärnan har helröd näbb, längre stjärt och kortare ben. Silvertärnan häckade länge med cirka 40 par på Stora Karlsö men numerären har ökat. 2012 häckade cirka 90 par i två kolonier och 2013 hade kopulationen ökat till drygt 200 par. När de har små ungar blir tärnorna ganska aggressiva i sitt revirförsvar, vilket även kan drabba lite för närgångna besökare! Silvertärnan tillhör de fåglar som flyger allra längst under sin flyttning. Den tillbringar vinterhalvåret i vattnen kring Antarktis och flyttar därför så tidigt som i juli-augusti och återkommer först i maj.