Det häckar inga rovfåglar på Stora Karlsö, men under vissa tider kan man ändå få se ”rovisar” på ön. Det rör sig i första hand om födosökande sparvhökar (Accipiter nisus), men då och då dyker det även upp någon duvhök (Accipiter gentilis) eller lärkfalk (Falco subbuteo) på födosök. På grannön Lilla Karlsö häckar sedan många år pilgrimsfalk (Falco peregrinus), och under stundom kan man få se denna ädlaste av rovfåglar på jaktbesök ute på Stora Karlsö.

Även de allra mäktigaste representanterna bland våra rovfåglar, kungsörnen (Aquila chrysaetos) och havsörnen (Haliaeetus albicilla), besöker Stora Karlsö. Båda arterna häckar med åtskilliga par på Gotland och kommer regelbundet ut till Karlsöarna och hälsar på under höst, vinter och vår för att jaga hare respektive fisk och änder. Ganska regelbundet ses numera båda örnarterna ute på Stora Karlsö också under sommaren. Under högsommaren har man så gott som dagligen besök av åtskilliga havsörnar som jagar änder runt ön!